| Ano de publicação | Título | Autor(es) |
| 2013 | Deep into to the bacterial communities living in sheep rumen. | ROMAGNOLI, E. M.  ; NATEL, A. S.; FAGUNDES, G. G.; DURRER, A.; TAKETANI, R. G.; LOUVANDINI, H; ABDALLA, A. L.; MENDES, R. |
| 2013 | Descoberta da dinâmica do microbioma da rizosfera de mandacaru na caatinga. | FERREIRA, C.; TAKETANI, R. G.; SILVA, J. L. da; GAVA, C. A. T.; LOPES, L. D.; MELO, I. S. de; MENDES, R. |
| 2013 | Draft genome sequence of Pseudomonas sp. strain CMAA 1215, a plant growth-promoting bacterium isolated from a Brazilian mangrove. | VASCONCELLOS, R. L. F.; MENDES, R.; TAKETANI, R. G.; ZUCCHI, T. D.; MELO, I. S. de |
| 2016 | Dynamics of sheep rumen microbiome and its relationship with the degradation of biomass. | ROMAGNOLI, E. M.; DUNLAP, C.; LOUVANDINI, H.; TSAI, S. M.; ABDALLA, A. L.; MENDES, R. |
| 2014 | Efeito da temperatura na produção de conídios e peritécios de Neonectria ditissima em ramos destacados de macieira. | MENDES, R.; NUNES, C. C.; LIMA, F. V. de; SILVA, V. C. da; ALVES, S. A. M. |
| 2007 | A emergência das redes de agricultura de base ecológica no Sudeste da Amazônia. | SIVIERO, A.; ABREU, L. S. de; SANTOS, R. C.; BELLON, S.; MENDES, R. |
| 2012 | Genome mining of the rhizophere bacterium Pseudomonas sp. SH-C52. | VOORT, M. V. D.; SCHMIDT, Y.; WATROUS, J.; MENDES, R.; GROSS, H.; DORRESTEIN, P. C.; RAAIJMAKERS, J. M. |
| 2013 | Identificação de enzimas lignocelulolíticas no microbioma do rúmen de ovinos usando metagenômica shotgun. | LOPES, L. D.; LIMA, A. O. S.; SILVA, L. R. F.; ROMAGNOLI, E. M.; TAKETANI, R. G.; FERREIRA, C; ABDALLA, A. L.; MENDES, R. |
| 2012 | Metagenoma da rizosfera de mandacaru na Caatinga. | FERREIRA, C.; TAKETANI, R. G.; SILVA, J. L. da; GAVA, C. A. T.; MELO, I. S. de; MENDES, R. |
| 2012 | Metagenomics and metatranscriptomics of the rhizosphere microbiome: understanding the interplay between the good, the bad and the ugly. | RAAIJMAKERS, J. M.; CHAPELLE-PINEAU, E.; BAKKER, P. A. H. M.; MENDES, R. |
| 2012 | Metagenomics of sheep rumen microbiome under two diet. | LOPES, L. D; SILVA, L. R. F, da; ROMAGNOLI, E. M; FERREIRA, C.; TAKETANI, R. G.; ABDALLA, A. L.; LOUVANDINI, H.; MENDES, R. |
| 2012 | Metagenomics of the rhizosphere microbiome: understanding the interplay between the good, the bad and the ugly. | RAAIJMAKERS, J. M.; MENDES, R. |
| 2012 | Metatranscriptomics of the rhizosphere microbiome; the quest for bacterial genera and traits involved in natural plant protection. | CHAPELLE-PINEAU, E.; MENDES, R.; BAKKER, P. A. H. M.; RAAIJMAKERS, J. M. |
| 2012 | Microbioma da rizosfera e proteção de plantas. | MENDES, R. |
| 2014 | Monitoramento de conídios de Neonectria ditissima nas condições de Vacaria, RS. | MENDES, R.; ALVES, S. A. M.; CZERMAINSKI, A. B. C. |
| 2012 | Quantification of Archaea and bacteria domains in the sheep rumen incubated under two diet conditions. | ROMAGNOLI, E. M; LOPES, L. D.; SILVA, L. R. F, da; NAKAMURA, F. M; SBARDELLA, M.; PEREIRA, R.; SILVA, W. D.; TSAI, S. M.; ANDREOTE, F. D.; MENDES, R. |
| 2013 | Water regime influences bulk soil and rhizosphere of Cereus jamacaru bacterial communities in the Brazilian caatinga biome. | KAVAMURA, V. N.; TAKETANI, R. G.; LANÇONI, M. D.; ANDREOTE, F. D.; MENDES, R.; MELO, I. S. de |
| 2013 | Whole-genome shotgun sequencing of Rhodococcus erythropolis strain p27, a highly radiation-resistant actinomycete from Antarctica. | TAKETANI, R. G.; ZUCCHI, T. D.; MELO, I. S. de; MENDES, R. |
