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| Ano de publicação | Título | Autor(es) |
| 2006 | A fast surface-matching procedure for protein-ligand docking. | YAMAGISHI, M. E. B.  ; MARTINS, N. F.; NESHICH, G.; CAI, W.; SHAO, X.; BEAUTRAIT, A.; MAIGRET, B. |
| 2023 | Acessando o potencial bioativo de Streptomyces sp. MAD39, isolada de sedimentos do Rio Madeira baseado em análises in silico do genoma. | PEREIRA, S. V. C. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, G. F. da; CANIATO, F. F. |
| 2007 | An indirect evidence of the Fibonacci String model for DNA repetitive sequence growth. | YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; VIEIRA, F. D.; HERAI, R. H. |
| 2006 | An integrated database of structural parameters for protein analysis. | OLIVEIRA, S. R. de M.; ALMEIDA, G. V.; SOUZA, K. R. R.; RODRIGUES, D. N.; NESHICH, G.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G. |
| 2006 | Analysing protein-protein interface using JPIV. | YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. de M.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; NARCISO, M. G.; NESHICH, G. |
| 2022 | Análise genômica de bactérias promotoras de crescimento de plantas visando a identificação de genes e desenvolvimento de marcadores estirpe-específicos. | GALVÃO, S. F. A.; LANA, U. G. de P.; GOMES, E. A.; OLIVEIRA-PAIVA, C. A.; YAMAGISHI, M. E. B.; VIANA, M. J. A.; SOUSA, S. M. de |
| 2022 | Análise in silico do potencial metabólico de Streptomyces sp. APUR 36.1 isolada de sedimentos do Rio Purus. | CIRÍACO, A. L. de S.; SOUSA, T. F.; QUEIROZ, C. A. de; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, G. F. da |
| 2023 | Análise metataxonômica de bactérias degradadoras de combustível diesel obtidas do rio Juruá. | SANTOS, S. F.; SOUSA, T. F.; QUEIROZ, C. A. de; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, G. F. da |
| 2010 | A bioinformatics approach to detect interchromosomal trans-splicing in bovine full length cDNA databanks. | HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B. |
| 2006 | BlueStar STING - a multiplatform environment for protein structure analysis. | KUSER, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; NESHICH, G. |
| 2006 | Building multiple sequence alignments with a flavor of HSSP alignments. | HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B. da; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FILETO, R.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. |
| 2022 | Caracterização do cluster gênico biossintético para produção do sideróforo petrobactina por Bacillus cereus SOL 105 isolado de sedimentos do Rio Solimões. | COSTA, G. V. da; SOUSA, T. F.; QUEIROZ, C. A.; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, G. F. da |
| 2023 | Characterization of peptaibols produced by a marine strain of the fungus Trichoderma endophyticum via Mass Spectrometry, genome mining and phylogeny-based prediction. | CASTRO, G. S.; SOUZA, T. F.; SILVA, G. F. da; PEDROSO, R. C. N.; MENEZES, K. S.; SOARES, M. A.; DIAS, G. M.; SANTOS, A. O.; YAMAGISHI, M. E. B.; FARIA, J. V.; JANUÁRIO, A. H.; KOOLEN, H. H. F. |
| 2013 | Chargaff's "Grammar of Biology": new fractal-like rules. | YAMAGISHI, M. E. B.; HERAI, R. H. |
| 2010 | CNBi: the new Brazilian National Consortium for Bioinformatics. | HERAI, R. H.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCHINI, K. G.; PEREIRA, G. G. A. |
| 2011 | Comparative transcriptome analyses of Fusarium oysporum f. sp. cubense. | DITA, M.; HERAI, R.; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, G. F. da; SOUZA JUNIOR, M. T.; GIACHETTO, P. F.; WAALWIJK, C.; KEMA, G. |
| 2011 | Comparative transcriptome analysis and genome assembly of Fusarium oxysporum f. sp. cubense. | RODRIGUEZ, M. A. D.; HERAI, R.; WAALWIJK, C.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; FERREIRA, G.; SOUZA JUNIOR, M. T.; KEMA, G. H. J. |
| 2012 | Comparative transcriptome analysis of eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation. | GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F. P.; TEIXEIRA, J.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A. |
| 2017 | Complete mitochondrial genome from South American catfish Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmann & Eigenmann) and its impact in Siluriformes phylogenetic tree. | VILLELA, L. C. V.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PONZETTO, J. M.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. |
| 2012 | ConvolutionTR: comprehensive study of SNPs within tandem repeats. | NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCAO, P. R. |
