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| Ano de publicação | Título | Autor(es) |
| 2023 | Identificação de genes de resistência e elementos móveis no microbioma ruminal e fecal de touros Nelore. | AQUINO, L. M. de  ; CONTEVILLE, L. C.; ANDRADE, B. G. N.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
| 2017 | Identificação de variação no número de cópias em bovinos leiteiros usando dados de NGS. | CHUD, T. C. S.; ZERLOTINI NETO, A.; CARMO, A. S. do; MUNARI, D. P.; SILVA, M. V. G. B. |
| 2023 | Identificação e análise de gene efetores do gênero Neopestalotiopsis com base no genoma completo. | BAIA, F. L. J.; SOUSA, R. da S.; CANIATO, F. F.; ZERLOTINI NETO, A.; MENDES, V. da C.; SILVA, G. F. da |
| 2018 | Identification of putative regulatory regions and transcription factors associated with intramuscular fat content traits. | CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; REECY, J. M.; POLETI, M. D.; OLIVEIRA, P. S. N.; OLIVEIRA, G. B. de; MOREIRA, G. C. M.; MUDADU, M. de A.; TIZIOTO, P. L.; KOLTES, J. E.; Fritz-Waters, E.; KRAMER, L.; GARRICK, D.; BEIKI, H.; GEISTLINGER, L.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L. |
| 2022 | Integration of different omics layers with SNP-SNP interaction networks associated with methane emission in nelore cattle. | CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; BANERJEE, P.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N. B; MALHEIROS, J. M.; ZERLOTINI NETO, A.; VIEIRA, D. da S.; FERNANDES, A. C.; CESAR, A. S. M.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
| 2017 | LDHB gene has allele-specific expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency. | ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M. |
| 2019 | Machado: a genomic data integration framework for Chado developed with Django. | MUDADU, M. de A.; ZERLOTINI NETO, A. |
| 2020 | Machado: open source genomics data integration framework. | MUDADU, M. de A.; ZERLOTINI NETO, A. |
| 2022 | Microbial abundance and expression in the rumen microbiome of nelore cattle. | SILVA, J. V. da; CONTEVILLE, L. C.; ANDRADE, B. G.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
| 2014 | Monoallelic expression of NNAT gene in Nelore steers skeletal muscle. | SOUZA, M. M.; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. de A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
| 2021 | Multi-omics approach reveals miR-SNPs affecting muscle fatty acids profile in Nelore cattle. | CARDOSO, T. F.; COUTINHO, L. L.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; OLIVEIRA, P. S. N. de; POLETI, M. D.; CESAR, A. S. M.; SILVEIRA, J. C. DA; CHIARATTI, M. R.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. |
| 2021 | Muscle allele-specific expression QTLs may affect meat quality traits in Bos indicus. | BRUSCADIN, J. J.; SOUZA, M. M. de; OLIVEIRA, K. S. de; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; NICIURA, S. C. M.; REGITANO, L. C. de A. |
| 2013 | New single nucleotide polymorphisms in guzerá breed revealed by whole-genome re-sequencing. | CRUZ, I. R.; GERALDO, L. A.; OLIVEIRA, F. S. DE; LEITE, L. R.; ARAUJO, F.; ZERLOTINI NETO, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBRA, R. S.; CARVALHO, M. R. S.; OLIVEIRA, G. |
| 2013 | Next generation sequencing and de novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome. | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; GIACHETTO, P. F.; FALCAO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. |
| 2019 | Novel polymorphisms in the PLIN2 gene of Nellore cattle. | DEFANT, H.; MEIRA, A. N.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; POLETI, M. D.; MOREIRA, G. C. M.; PADUAN, M.; MARIANI, P.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; CESAR, A. S. M. |
| 2015 | Perfil de expressão de genes em trigo em resposta à infecção por ferrugem da folha. | CASASSOLA, A.; BRAMMER, S. P.; CHAVES, M. S.; NHANI JUNIOR, A.; FALCAO, P. R. K.; ZERLOTINI NETO, A.; STEFANATO, F; BOYD, L. |
| 2021 | Plant Co-expression Annotation Resource: a web server for identifying targets for genetically modified crop breeding pipelines. | VIANA, M. J. A.; ZERLOTINI NETO, A.; MUDADU, M. de A. |
| 2019 | Plant Co-expression Annotation Tool: a tool to identify targets for proof of concept in Genetically Modified crop breeding pipelines. | VIANA, M. J. A.; ZERLOTINI NETO, A.; MUDADU, M. de A. |
| 2020 | Potential biomarkers for feed efficiency-related traits in nelore cattle identified by co-expression network and integrative genomics analyses. | LIMA, A. O. de; KOLTES, J. E.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; CESAR, A. S. M.; TIZIOTO, P. L.; AFONSO, J.; SOUZA, M. de S.; PETRINI, J.; ROCHA, M. I. P.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. |
| 2023 | Predição in silico de efetores de Fusarium decemcellulare, agente causal do superbrotamento do guaranazeiro. | CHAGAS, S. S.; ZERLOTINI NETO, A.; SILVA, G. F. da; CANIATO, F. F. |
