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| Ano de publicação | Título | Autor(es) |
| 2014 | Deciphering microbial landscapes of fish eggs to mitigate emerging diseases. | BRUIJN, I.  ; LIU, Y.; JACK, A. L. H.; DRYNAN, K.; BERG, A. H.; THOEN, E.; SANDOVAL-SIERRA, V.; SKAAR, I.; WEST, P.; VOORT, M. van der; MENDES, R.; MAZZOLA, M.; RAAIJMAKERS, J. |
| 2019 | Deciphering rhizosphere microbiome assembly of wild and modern common bean (Phaseolus vulgaris) in native and agricultural soils from Colombia. | PEREZ-JARAMILLO, J. E.; HOLLANDER, M. de; RAMÍREZ, C. A.; MENDES, R.; RAAIJMAKERS, J. M.; CARRIÓN, V. J. |
| 2013 | Deep into to the bacterial communities living in sheep rumen. | ROMAGNOLI, E. M.; NATEL, A. S.; FAGUNDES, G. G.; DURRER, A.; TAKETANI, R. G.; LOUVANDINI, H; ABDALLA, A. L.; MENDES, R. |
| 2013 | Descoberta da dinâmica do microbioma da rizosfera de mandacaru na caatinga. | FERREIRA, C.; TAKETANI, R. G.; SILVA, J. L. da; GAVA, C. A. T.; LOPES, L. D.; MELO, I. S. de; MENDES, R. |
| 2023 | Diversity of viruses and viroids in the rhizosphere of common bean cultivars differing in resistance to the fungal root pathogen Fusarium oxysporum. | BRAGA, L. P.; TANENTZAP, A. J.; LEE, B.; TSAI, S. M.; RAAIJMAKERS, J. M.; MENDES, R.; MENDES, L. W. |
| 2013 | Draft genome sequence of Pseudomonas sp. strain CMAA 1215, a plant growth-promoting bacterium isolated from a Brazilian mangrove. | VASCONCELLOS, R. L. F.; MENDES, R.; TAKETANI, R. G.; ZUCCHI, T. D.; MELO, I. S. de |
| 2014 | Dynamics of cacti rhizosphere bacterial communities in the Brazilian semiarid climate. | KAVAMURA, V. N.; FERREIRA, C.; TAKETANI, R. G.; MELO, I. S. de; MENDES, R. |
| 2016 | Dynamics of sheep rumen microbiome and its relationship with the degradation of biomass. | ROMAGNOLI, E. M.; DUNLAP, C.; LOUVANDINI, H.; TSAI, S. M.; ABDALLA, A. L.; MENDES, R. |
| 2014 | Efeito da temperatura na produção de conídios e peritécios de Neonectria ditissima em ramos destacados de macieira. | MENDES, R.; NUNES, C. C.; LIMA, F. V. de; SILVA, V. C. da; ALVES, S. A. M. |
| 2017 | Efeito do aquecimento global sobre a comunidade microbiana do solo. | MENDES, R.; TAKETANI, N. F.; TAKETANI, R. G. |
| 2015 | Efeito do cancro europeu das pomáceas na produção da macieira. | MENDES, R.; NUNES, C. C.; ALVES, S. A. M.; CZERMAINSKI, A. B. C. |
| 2015 | Effect of phosphorus limitation on the microbial community assembly in the common bean (Phaseolus vulgaris L.) rhizosphere. | CHIARAMONTE, J. B.; ROSSMANN, M.; MENDES, R. |
| 2015 | Effect of plant domestication on the rhizosphere microbiome of common bean (Phaseolus vulgaris) . | PÉREZ-JARAMILLO, J. E.; MENDES, R.; RAAIJMAKERS, J. M. |
| 2007 | A emergência das redes de agricultura de base ecológica no Sudeste da Amazônia. | SIVIERO, A.; ABREU, L. S. de; SANTOS, R. C.; BELLON, S.; MENDES, R. |
| 2016 | Exploring the sheep rumen shotgun sequencing for funcional analysis and lignocellulolitic enzyme discovery. | KMIT, M. C. P.; LIMA, A. O. S.; FREITAS, R. C.; ROMAGNOLI, E. M.; ABDALLA, A. L.; MENDES, R. |
| 2023 | From susceptibility to resilience: uncovering the rhizosphere microbial contributions to drought tolerance in common bean. | PELLEGRINETTI, T. A.; SILVA, A. V. R. DA; CUNHA, I. C. M.; BOLETA, E. M.; ROCHA, G. S.; MAFRA, T. M. L.; MENDES, R.; TSAI, S. M.; MENDES, L. W. |
| 2015 | Fungal invasion of the rhizosphere microbiome. | CHAPELLE-PINEAU, E.; MENDES, R.; BAKKER, P. A. H. M.; RAAIJMAKERS, J. M. |
| 2015 | Genome mining and metabolic profiling of the rhizosphere bacterium Pseudomonas sp. SH-C52 for antimicrobial compounds. | VOORT, M. van der; MEIJER, H. J. G.; SCHMIDT, Y.; WATROUS, J; DEKKERS, E.; MENDES, R.; DORRESTEIN, P. C; GROSS, H.; RAAIJMAKERS, J. M. |
| 2012 | Genome mining of the rhizophere bacterium Pseudomonas sp. SH-C52. | VOORT, M. V. D.; SCHMIDT, Y.; WATROUS, J.; MENDES, R.; GROSS, H.; DORRESTEIN, P. C.; RAAIJMAKERS, J. M. |
| 2013 | Identificação de enzimas lignocelulolíticas no microbioma do rúmen de ovinos usando metagenômica shotgun. | LOPES, L. D.; LIMA, A. O. S.; SILVA, L. R. F.; ROMAGNOLI, E. M.; TAKETANI, R. G.; FERREIRA, C; ABDALLA, A. L.; MENDES, R. |
