Caracterização e análise funcional da comunidade bacteriana ruminal de caprinos da caatinga brasileira utilizando DNA metagenômico.

CUNHA, I. de S. da

Use este identificador para citar ou linkar para este item: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/863355

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Campo DC	Valor	Idioma
dc.contributor.author	CUNHA, I. de S. da	pt_BR
dc.date.accessioned	2011-04-10T11:11:11Z	pt_BR
dc.date.available	2011-04-10T11:11:11Z	pt_BR
dc.date.created	2010-09-30	pt_BR
dc.date.issued	2010	pt_BR
dc.identifier.citation	2010.	pt_BR
dc.identifier.uri	http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/863355	pt_BR
dc.description	Metagenoma refere-se à estrutura genética coletiva e funcional de uma comunidade microbiana. A riqueza e composição da comunidade microbiana do rúmen têm sido estudadas por técnicas de amplificação e sequenciamento dos genes que codificam o RNA ribossomal 16S/18S. Apesar dos inúmeros trabalhos sobre a microbiota de diferentes tipos de ruminantes, poucos estudos utilizaram técnicas moleculares independentes de cultivo para estudar o rúmen caprino. A clonagem e sequenciamento do gene 16S rRNA são considerados métodos eficientes para estudar a diversidade bacteriana em amostras naturais pois, permitem a determinação da riqueza bacteriana em diferentes ambientes e a identificação filogenética de organismos ainda não cultivados. A maior parte da digestão da dieta natural dos ruminantes é realizada no rúmen pela comunidade microbiana, por meio de enzimas hidrolíticas. Neste trabalho, a comunidade de bactérias presentes nas frações líquida e sólido-aderida do rúmen de caprinos da raça Moxotó foram caracterizadas através da construção e sequenciamento de clones de uma biblioteca 16S rDNA. Para a biblioteca 16S rDNA, aproximadamente 400 sequências não quiméricas e maiores que 400 pb foram obtidas para cada biblioteca. As curvas de rarefação para as bibliotecas 16S rDNA bacterianas atingiram um platô a nível de distância evolutiva de 15%, indicando que para este nível, o esforço amostral foi suficiente para cobrir a diversidade existente. Sequências de bactérias pertencentes aos filos Bacteroidetes, Firmicutes, TM7, Verrucomicrobia, Actinobacteria, Lentisphaerae e Proteobacteria foram identificadas, sendo que as classes dominantes foram Clostridia e Bacteroidia. Com esses resultados, pôde-se concluir que a comunidade microbiana do rúmen da raça Moxotó é similar à encontrada em outros ruminantes. Porém, encontrou-se diferença na riqueza entre as duas frações, demonstrando que a comunidade bacteriana aderida ao material vegetal e a encontrada na fração líquida ruminal são distintas. Para explorar o potencial metabólico desta comunidade, foi construída uma biblioteca metagenômica de expressão de pequenos insertos da fração sólido-aderida (com média de inserto de 5kb) com aproximadamente 50.000 clones. Para a validação desta biblioteca metagenômica foi feita uma biblioteca 16S rDNA a partir da biblioteca metagenômica já construída. Com o estudo da riqueza bacteriana pôde-se comprovar a presença de filos já esperados para o rúmen, com a predominância dos filos Bacteroidetes e Firmicutes. Com o intuito de comprovar o potencial metabólico da comunidade bacteriana presente no rúmen caprino, foi realizada a bioprospecção da biblioteca metagenômica para atividade amilolítica. De um total de 2.670 colônias pesquisadas, 11 clones com atividade amilolítica e com padrões de restrição enzimática do DNA plasmidial distintos foram identificados. Um destes clones com inserto de cerca de 5 kb foi escolhido para sequenciamento (Ra33). O inserto deste clone foi subclonado e seus fragmentos sequenciados por primer walking. Até o presente momento 74% do clone foi sequenciado. Com os resultados obtidos da validação e do potencial metabólico pôde-se concluir que a biblioteca gerada possui a riqueza de filo esperada para uma amostra ruminal demonstrando que a metodologia de extração utilizada foi satisfatória. A biblioteca metagenômica de pequenos insertos construída neste trabalho poderá ser utilizada para bioprospecção de genes com outras atividades de interesse biotecnológico, incluindo genes codificadores de antimicrobianos e outras atividades hidrolícas como lipases, proteases e celulases.	pt_BR
dc.language.iso	por	pt_BR
dc.rights	openAccess	pt_BR
dc.subject	Caprinos	pt_BR
dc.subject	Metagenoma	pt_BR
dc.subject	Gene ribossomal 16S	pt_BR
dc.title	Caracterização e análise funcional da comunidade bacteriana ruminal de caprinos da caatinga brasileira utilizando DNA metagenômico.	pt_BR
dc.type	Teses	pt_BR
dc.date.updated	2017-06-20T11:11:11Z	pt_BR
dc.subject.thesagro	Amilase	pt_BR
dc.subject.thesagro	Rúmen	pt_BR
dc.description.notes	Dissertação (Mestrado em Ciências Genômicas e Biotecnologia) - Universidade Católica de Brasília, Brasília, DF. Co-Orientadora Embrapa Agroenergia: Betania Ferraz Quirino.	pt_BR
dc.format.extent2	159 f.	pt_BR
riaa.ainfo.id	863355	pt_BR
riaa.ainfo.lastupdate	2017-06-20	pt_BR
dc.contributor.institution	ISABEL de SOUZA da CUNHA, UCB.	pt_BR
Aparece nas coleções:	Tese/dissertação (CNPAE)

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