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Campo DCValorLengua/Idioma
dc.contributor.authorVIDAL, R.pt_BR
dc.contributor.authorFERREIRA, L. P.pt_BR
dc.contributor.authorLANNES, S. D.pt_BR
dc.contributor.authorVIEIRA, L. G. E.pt_BR
dc.contributor.authorMONDEGO, J.pt_BR
dc.contributor.authorCARAZZOLLE, M. F.pt_BR
dc.contributor.authorPEREIRA, G. A.pt_BR
dc.contributor.authorPOT, D.pt_BR
dc.contributor.authorPEREIRA, L. F. P.pt_BR
dc.date.accessioned2011-10-20T11:11:11Zpt_BR
dc.date.accessioned2011-10-20T11:11:11Zpt_BR
dc.date.available2011-10-20T11:11:11Zpt_BR
dc.date.available2011-10-20T11:11:11Zpt_BR
dc.date.created2011-10-20pt_BR
dc.date.issued2009pt_BR
dc.identifier.citationIn: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Resumos expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café.pt_BR
dc.identifier.urihttp://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/903595pt_BR
dc.descriptionPolimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles vêm se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagnóstico. A identificação destes polimorfismos irá fornecer marcadores que poderão ser utilizados para o mapeamento genético, estudos de genética de população e de associação. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seqüências de ESTs disponíveis; e 2) analisar a diversidade nucleotídica em Coffea spp. Um pipeline para identificação de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seqüências de ESTs disponíveis de Coffea spp. Foi utilizado uma estratégia para detecção de SNPs em dentro de 23.019 contigs. Um total 23.062 SNPs e 2.165 INDELS foram encontrados em 5184 contigs que continham pelo menos quatro ESTs. Analises in silico permitiram a identificação de diferentes alelos de C. canephora e C. eugenioides que estão presentes em C. arabica. A maioria dos ESTs de C. arabica vieram de apenas dois alelos, uma evidência molecular sobre a especiação de C. arabica. De acordo com essas análises cerca de 55% das seqüências de C. arabica são derivadas do genoma de C. eugenioides e 45% de C. canephora. Além disso, foi possível observar que o genoma de C. eugenioides contribui principalmente para genes relacionados a metabolismo basal, enquanto que os genes de C. canephora estão envolvidos com sinais de tradução e regulação da expressão gênica. Análises in vivo estão sendo realizadas através do sequenciamento de diversos genes em 24 genótipos de Coffea sendo 12 de C. arabica, 9 de C. canephora e três de outras espécies de Coffea, para uma analise maior da diversidade nucleotídica do gênero. Resultados referentes ao sequenciamento do gene de sacarose fosfato sintase (SPS) apresentaram 21 polimorfismos, sendo a maioria interespecíficos (C. arabica, C. canephora, C. eugenioides e C. racemosa). Para os genótipos de C. canephora foram observados nove polimorfismos intraespecíficos. Já os polimorfismos encontrados entre os genótipos de C. arabica forma os mesmos detectados entre C. canephora e C. eugenioides.pt_BR
dc.language.isoporpt_BR
dc.rightsopenAccesspt_BR
dc.subjectSNPpt_BR
dc.subjectINDELpt_BR
dc.subjectMapeamentopt_BR
dc.titleAnálise in silico e in vivo da diversidade nucleotídica em Coffea ssp.pt_BR
dc.typeArtigo em anais e proceedingspt_BR
dc.date.updated2011-10-20T11:11:11Zpt_BR
dc.subject.thesagroGenomapt_BR
riaa.ainfo.id903595pt_BR
riaa.ainfo.lastupdate2011-10-20pt_BR
dc.contributor.institutionRAMON VIDAL, UNICAMP; LUCIA PIRES FERREIRA, CBP&D/Café/IAPAR; SERGIO DIAS LANNES, CBP&D/Café/IAPAR; LUIZ G. E. VIEIRA, CIRAD/UMR DAP; JORGE MONDEGO, UNICAMP; MARCELO, F. CARAZZOLE, UNICAMP; GONÇALO A. PEREIRA, UNICAMP; DAVID POT, LBI-AMG IAPAR; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC.pt_BR
Aparece en las colecciones:Artigo em anais de congresso (SAPC)

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