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Research center of Embrapa/Collection: Embrapa Café - Artigo em anais de congresso (ALICE)
Date Issued: 2009
Type of Material: Artigo em anais de congresso (ALICE)
Authors: VIDAL, R.
FERREIRA, L. P.
LANNES, S. D.
VIEIRA, L. G. E.
MONDEGO, J.
CARAZZOLLE, M. F.
PEREIRA, G. A.
POT, D.
PEREIRA, L. F. P.
Additional Information: RAMON VIDAL, UNICAMP; LUCIA PIRES FERREIRA, CBP&D/Café/IAPAR; SERGIO DIAS LANNES, CBP&D/Café/IAPAR; LUIZ G. E. VIEIRA, CIRAD/UMR DAP; JORGE MONDEGO, UNICAMP; MARCELO, F. CARAZZOLE, UNICAMP; GONÇALO A. PEREIRA, UNICAMP; DAVID POT, LBI-AMG IAPAR; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC.
Title: Analise in silico e in vivo da diversidade nucleotidica em Coffea ssp.
Publisher: In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Resumos expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café.
Language: pt_BR
Keywords: SNP
INDEL
Mapeamento.
Description: Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles vêm se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagnóstico. A identificação destes polimorfismos irá fornecer marcadores que poderão ser utilizados para o mapeamento genético, estudos de genética de população e de associação. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seqüências de ESTs disponíveis; e 2) analisar a diversidade nucleotídica em Coffea spp. Um pipeline para identificação de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seqüências de ESTs disponíveis de Coffea spp. Foi utilizado uma estratégia para detecção de SNPs em dentro de 23.019 contigs. Um total 23.062 SNPs e 2.165 INDELS foram encontrados em 5184 contigs que continham pelo menos quatro ESTs. Analises in silico permitiram a identificação de diferentes alelos de C. canephora e C. eugenioides que estão presentes em C. arabica. A maioria dos ESTs de C. arabica vieram de apenas dois alelos, uma evidência molecular sobre a especiação de C. arabica. De acordo com essas análises cerca de 55% das seqüências de C. arabica são derivadas do genoma de C. eugenioides e 45% de C. canephora. Além disso, foi possível observar que o genoma de C. eugenioides contribui principalmente para genes relacionados a metabolismo basal, enquanto que os genes de C. canephora estão envolvidos com sinais de tradução e regulação da expressão gênica. Análises in vivo estão sendo realizadas através do sequenciamento de diversos genes em 24 genótipos de Coffea sendo 12 de C. arabica, 9 de C. canephora e três de outras espécies de Coffea, para uma analise maior da diversidade nucleotídica do gênero. Resultados referentes ao sequenciamento do gene de sacarose fosfato sintase (SPS) apresentaram 21 polimorfismos, sendo a maioria interespecíficos (C. arabica, C. canephora, C. eugenioides e C. racemosa). Para os genótipos de C. canephora foram observados nove polimorfismos intraespecíficos. Já os polimorfismos encontrados entre os genótipos de C. arabica forma os mesmos detectados entre C. canephora e C. eugenioides.
Thesagro: Genoma.
Data Created: 2011-10-20
Appears in Collections:Artigo em anais de congresso (SAPC)

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