Title:	Diversidade nucleotídica de genes envolvidos na biossíntese de ácidos clorogênicos de cafeeiros.
Authors:	IVAMOTO, S. T. POT, D. LANNES, S. D. DOMINGUES, D. S. VIEIRA, L. G. E. PEREIRA, L. F. P.
Affiliation:	SUZANA TIEMI IVAMOTO, Universidade Estadual de Lodrina; DAVID POT, CIRAD; SERGIO DIAS LANNES, EPAGRI; DOUGLAS SILVA DOMINGUES, IAPAR; LUIZ GONZAGA ESTEVES VIEIRA, IAPAR; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC.
Date Issued:	2013
Citation:	Coffee Science, Lavras, v. 8, n. 2, p. 148-156, abr./jun. 2013.
Description:	Os ácidos clorogênicos (CGAs) são compostos químicos importantes de Coffea spp. para a qualidade da bebida, pois eles interferem na adstringência e podem alterar o aroma e sabor da bebida. Aproximadamente 310.000 ESTs de Coffea estão disponíveis e possibilitam o acesso à variabilidade nucleotídica da planta e o desenvolvimento de marcadores moleculares ligados à qualidade da bebida para as principais enzimas da via de biossíntese dos CGAs: PAL, C4H, 4CL, CQT e C3?H. Neste trabalho foram detectados polimorfismos dos tipos SNP, INDEL ou SSR dentro das sequências nucleotídidicas disponíveis no Projeto Genoma Café e no NCBI. As sequências de ESTs de CGAs foram clusterizadas pelo programa Codon Code Aligner, assim como a detecção de polimorfismos e validação dos mesmos (qualidade de cromatograma). Foram identificadas seis isoformas para PAL, uma para C4H, seis para 4CL, duas para CQT e duas para C3?H. Os contigs formados apresentaram um total de 248 polimorfismos (236 SNPs e 12 INDELs), sendo 201 na região codante (127 não sinônimos e 74 sinônimos). A frequência dos polimorfismos foi maior nas regiões UTRs (1pol/54pb), em relação à codante (1pol/81pb). A análise das sequências de C. arabica permitiu a identificação de 2 subgrupos diferentes de sequências, referentes aos seus genomas ancestrais (C. canephora e C. eugenioides). Foi observada a presença de 67,4% dos polimorfismos entre os grupos ancestrais e 32,6% dentro dos grupos em C. arabica. Esses resultados vêm permitindo definir genes tanto para estudos de expressão de homeólogos de CGAs como para o desenvolvimento de marcadores moleculares para o mapeamento genético.
Thesagro:	Polimorfismo Marcador molecular
Keywords:	SNPs SSRs ESTs CGAs
Type of Material:	Artigo de periódico
Access:	openAccess
Appears in Collections:	Artigo em periódico indexado (SAPC)