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| Ano de publicação | Título | Autor(es) |
| 2012 | Identification of repetitive sequences within gene loci. | YAMAGISHI, M. E. B.  ; HERAI, R. |
| 2012 | Is a genome a codeword of an error-correcting code? | FARIA, L. C. B.; ROCHA, A. S. L.; KLEINSCHMIDT, J. H.; SILVA-FILHO, M. C.; BIM, E.; HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B.; PALAZZO JÚNIOR, R. |
| 2018 | Is aromatase necessary for ovarian differentiation in tambaqui (Colossoma macropomum)? | PAIXÃO, R. V.; SILVA, G. F. da; LOBO, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.; VARELA, E. S.; O'SULLIVAN, F. L. A. |
| 2018 | Is aromatase necessary for ovarian differentiation in tambaqui (Colossoma macropomum)? | PAIXÃO, R. V.; SILVA, G. F.; LOBO, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.; VARELA, E. S.; ALMEIDA, F. L. |
| 2021 | Is our immune system a powerful vaccine factory? | YAMAGISHI, M. E. B. |
| 2015 | Java Merging Copy Number Variants (JM-CNV): a new algorithm for identifying Copy Number Variant Regions (CNVR). | SILVA, J. M. da; ROMANIUC, A. R.; CAETANO, A. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B. |
| 2010 | Laboratório avançado multiusuário de bioinformática da Embrapa. | KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P.; SILVA, F. R. da; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos |
| 2014 | Looking for the "missing" Nelore genotypes. | SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. |
| 2010 | Minissatélites: novas ferramentas moleculares para o mamoeiro. | COSTA, J. L. C.; OLIVEIRA, E. J. de; OLIVEIRA, G. A. F.; SILVA, A. dos S.; YAMAGISHI, M. E. B. |
| 2009 | Modelagem difusa para suporte à decisão na descoberta de SNPs em sequências de cDNA. | ARBEX, W.; CARVALHO, L. A. V. de; SILVA, M. V. B. da; YAMAGISHI, M. E. B. |
| 2013 | Next generation sequencing and de novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome. | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; GIACHETTO, P. F.; FALCAO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. |
| 2011 | Uma nova proposta de busca por tandem repeats. | NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B. |
| 2008 | Nucleotide frequencies in human genome and Fibonacci numbers. | YAMAGISHI, M. E. B.; SHIMABUKURO, A. I. |
| 2006 | PDB-Metrics: a web tool for exploring the PDB contents. | FILETO, R.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; RIBEIRO, A. A.; QUINALIA, T. G.; FRANCO, E. H.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, S. R. M.; SANTOS, E. H.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; CRUZ, S. A. B.; NESHICH, G. |
| 2022 | Potenciais metabólitos secundários em Streptomyces cavourensis SOL153 isolada de sedimentos do Rio Solimões. | CALDAS, L. F. G. de S.; SOUSA, T. F.; QUEIROZ, C. A. de; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, G. F. da |
| 2006 | Predicting enzyme class from protein structural parameters and bagging predictors. | YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; BORRO, L. C.; SANTOS, E. H.; JARDINE, J. G.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; NARCISO, M. G.; KUSER-FALCÃO, P. R.; NESHICH, G. |
| 2006 | Predicting enzyme class from protein structure using Bayesian classification. | BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; NESHICH, G. |
| 2008 | Predição de classes de enzimas usando método de agrupamento super-paramagnético. | BOARETO, M.; LEITE, V. B. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CATICHA, N. |
| 2023 | Prospecção de produtos naturais de interesse biotecnológico com base na análise genômica de Streptomyces sp. MAD 27. | NEVES, K. de O. G.; SILVA, J. C. I. da; QUEIROZ, C. A.; YAMAGISHI, M. E. B.; KOOLEN, H. H.; SILVA, G. F. da |
| 2006 | Protein ligand contacts analyzed in an integrated environment with the other sequence and structure related parameters. | FALCÃO, P. R. K.; MAZONI, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; SANTOS, E. H. dos; OLIVEIRA, S. R. de M.; NESHICH, G. |
