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Título: Caracterização de bibliotecas de RNA-Seq de amendoim forrageiro para o desenvolvimento de novos microssatélites.
Autoria: OLIVEIRA, J. C. de
SILVA, A. L. D. da
SILVA, C. C. da
SOUZA, A. P. de
FORMIGHIERI, E. F.
CAMPOS, T. de
Afiliação: Jônatas Chagas de Oliveira, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Recursos Genéticos da Rede Bionorte, Universidade Federal do Acre; André Lucas Domingos da Silva, Programa de Pós-Graduação em Ciência, Inovação e Tecnologia para a Amazônia, Universidade Federal do Acre; Carla Cristina da Silva, Universidade Estadual de Campinas; Anete Pereira de Souza, Universidade Estadual de Campinas; EDUARDO FERNANDES FORMIGHIERI, CNPAE; TATIANA DE CAMPOS, CPAF-AC.
Ano de publicação: 2020
Referência: In: SEMINÁRIO DA EMBRAPA ACRE DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO, 2., 2019, Rio Branco, AC. A Contribuição da ciência para a agropecuária no Acre: anais. Rio Branco, AC: Embrapa Acre, 2020.
Páginas: p. 83-88.
Conteúdo: O uso do amendoim forrageiro (Arachis pintoi) em pastagens consorciadas com gramíneas tem importância econômica e ambiental. Avanços no programa de melhoramento da espécie podem ser obtidos com a ampla informação gerada pelo sequenciamento de segunda geração. A tecnologia de RNA-Seq permite obter extensa cobertura dos genes existentes no genoma com custo consideravelmente baixo. Os dados gerados possibilitam identificar novos marcadores, validar genes e rotas metabólicas. Atualmente existem poucos microssatélites disponíveis para o amendoim forrageiro. Assim, o objetivo deste trabalho foi desenvolver novos marcadores microssatélites a partir de bibliotecas de RNA-Seq de amendoim forrageiro. O RNA de duas cultivares (Belomonte e Amarillo MG-100) foi extraído e utilizado para montagem das bibliotecas, as quais foram sequenciadas e tiveram seu genoma funcional montado com o software Trinity® e metodologia de novo. Um total de 336 milhões de reads foi obtido, dos quais 84.229 foram utilizados na identificação de microssatélites. Dos 4.461 marcadores encontrados, 186 foram selecionados para validação e 80 (43%) apresentaram perfil ideal de amplificação. Desses 80, 29 foram genotipados e apresentaram-se polimórficos. Foi possível acessar a diversidade genética em 20 genótipos. Esses dados indicam a informatividade dos novos marcadores, os quais poderão contribuir para acelerar o melhoramento do amendoim forrageiro.
Thesagro: Pastagem Consorciada
Leguminosa Forrageira
Gramínea Forrageira
Marcador Genético
Banco de Germoplasma
NAL Thesaurus: Mixed cropping
Forage grasses
Forage legumes
Arachis pintoi
Microsatellite repeats
Sequence analysis
Germplasm conservation
Palavras-chave: Amendoim forrageiro
Forage peanut
Cacahuetes forrajeros
RNA-Seq
RNA sequencing
Belomonte
Amarillo MG-100
Genoma funcional
Cultivo mixto
Pastos forrajeros
Leguminosas forrajeras
Repeticiones de microsatélite
Análisis de secuencia
Embrapa Acre
Rio Branco (AC)
Acre
Amazônia Ocidental
Western Amazon
Amazonia Occidental
Série: (Embrapa Acre. Eventos técnicos & científicos, 2).
Notas: Editores técnicos: Virgínia de Souza Álvares; Fabiano Marçal Estanislau.
Tipo do material: Artigo em anais e proceedings
Acesso: openAccess
Aparece nas coleções:Artigo em anais de congresso (CPAF-AC)

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