Title:	Caracterização de bibliotecas de RNA-Seq de amendoim forrageiro para o desenvolvimento de novos microssatélites.
Authors:	OLIVEIRA, J. C. de SILVA, A. L. D. da SILVA, C. C. da SOUZA, A. P. de FORMIGHIERI, E. F. CAMPOS, T. de
Affiliation:	Jônatas Chagas de Oliveira, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Recursos Genéticos da Rede Bionorte, Universidade Federal do Acre; André Lucas Domingos da Silva, Programa de Pós-Graduação em Ciência, Inovação e Tecnologia para a Amazônia, Universidade Federal do Acre; Carla Cristina da Silva, Universidade Estadual de Campinas; Anete Pereira de Souza, Universidade Estadual de Campinas; EDUARDO FERNANDES FORMIGHIERI, CNPAE; TATIANA DE CAMPOS, CPAF-AC.
Date Issued:	2020
Citation:	In: SEMINÁRIO DA EMBRAPA ACRE DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO, 2., 2019, Rio Branco, AC. A Contribuição da ciência para a agropecuária no Acre: anais. Rio Branco, AC: Embrapa Acre, 2020.
Pages:	p. 83-88.
Description:	O uso do amendoim forrageiro (Arachis pintoi) em pastagens consorciadas com gramíneas tem importância econômica e ambiental. Avanços no programa de melhoramento da espécie podem ser obtidos com a ampla informação gerada pelo sequenciamento de segunda geração. A tecnologia de RNA-Seq permite obter extensa cobertura dos genes existentes no genoma com custo consideravelmente baixo. Os dados gerados possibilitam identificar novos marcadores, validar genes e rotas metabólicas. Atualmente existem poucos microssatélites disponíveis para o amendoim forrageiro. Assim, o objetivo deste trabalho foi desenvolver novos marcadores microssatélites a partir de bibliotecas de RNA-Seq de amendoim forrageiro. O RNA de duas cultivares (Belomonte e Amarillo MG-100) foi extraído e utilizado para montagem das bibliotecas, as quais foram sequenciadas e tiveram seu genoma funcional montado com o software Trinity® e metodologia de novo. Um total de 336 milhões de reads foi obtido, dos quais 84.229 foram utilizados na identificação de microssatélites. Dos 4.461 marcadores encontrados, 186 foram selecionados para validação e 80 (43%) apresentaram perfil ideal de amplificação. Desses 80, 29 foram genotipados e apresentaram-se polimórficos. Foi possível acessar a diversidade genética em 20 genótipos. Esses dados indicam a informatividade dos novos marcadores, os quais poderão contribuir para acelerar o melhoramento do amendoim forrageiro.
Thesagro:	Pastagem Consorciada Leguminosa Forrageira Gramínea Forrageira Marcador Genético Banco de Germoplasma
NAL Thesaurus:	Mixed cropping Forage grasses Forage legumes Arachis pintoi Microsatellite repeats Sequence analysis Germplasm conservation
Keywords:	Amendoim forrageiro Forage peanut Cacahuetes forrajeros RNA-Seq RNA sequencing Belomonte Amarillo MG-100 Genoma funcional Cultivo mixto Pastos forrajeros Leguminosas forrajeras Repeticiones de microsatélite Análisis de secuencia Embrapa Acre Rio Branco (AC) Acre Amazônia Ocidental Western Amazon Amazonia Occidental
Series/Report no.:	(Embrapa Acre. Eventos técnicos & científicos, 2).
Notes:	Editores técnicos: Virgínia de Souza Álvares; Fabiano Marçal Estanislau.
Type of Material:	Artigo em anais e proceedings
Access:	openAccess
Appears in Collections:	Artigo em anais de congresso (CPAF-AC)