Título:	Um software para extração de ESTs, CONTIGS e SINGLETS do CAFEST.
Autoria:	GUERRA, R. L. ALVARENGA, S. M. CAIXETA, E. T. GOULART, C. de C.
Afiliação:	RAFAEL LUCIANO GUERRA, UFV; SAMUEL MAZZINGHY ALVARENGA, UFV; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA, SAPC; CARLOS DE CASTRO GOULART, UFV.
Ano de publicação:	2011
Referência:	In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.
Conteúdo:	Uma das dificuldades encontrada atualmente para os usuários da base de dados do Projeto Brasileiro do Genoma Café (CafEST) é a dificuldade em extrair manualmente todas as sequências armazenadas em seus projetos, no sistema Gene Projects. A partir dessa necessidade, foi desenvolvido um software para fazer a automatização do processo. Desta forma, o usuário do CafEST passa a dispor da comodidade de apenas informar ao programa quais projetos ele deseja que tenham as ESTs, contigs ou singlets extraídos. O programa consiste em dois scripts, um para fazer a extração das ESTs e outro para fazer a extração dos contigs e dos singlets. Os dois scripts retiram do CafEST apenas as ESTs, os contigs e singlets e salvam cada um desses em um arquivo do tipo FASTA. Isto facilita o uso dos mesmos em outras bases de dados e/ou ferramentas de bioinformática
Palavras-chave:	Programação Script Genoma café ESTs
Tipo do material:	Artigo em anais e proceedings
Acesso:	openAccess
Aparece nas coleções:	Artigo em anais de congresso (SAPC)