Title:	BDGF: um sistema web para recuperação de informação de genótipos e fenótipos.
Authors:	VIEIRA, F. D. MOURA, D. G. de SILVA, D. F. HIGA, R. H. ZERLOTINI NETO, A.
Affiliation:	FABIO DANILO VIEIRA, CNPTIA; DANILO GOMES DE MOURA; DIEGO FÉLIX DA SILVA, Programa Geneplus-Embrapa; ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA.
Date Issued:	2017
Citation:	In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROINFORMÁTICA, 11., 2017, Campinas. Ciência de dados na era da agricultura digital: anais. Campinas: Editora da Unicamp: Embrapa Informática Agropecuária, 2017.
Pages:	p. 429-438.
Description:	Nos últimos anos, o uso de genotipagem em grande escala de dezenas ou centenas de milhares de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) para estimar o perfil genômico de animais permitiu o desenvolvimento de estudos de associação genótipo-fenótipo em escala genômica (GWAS) e a introdução da tecnologia de seleção genômica em programas de melhoramento genético. No entanto, esta situação implica na necessidade de armazenamento de grande volume de dados de genotipagem, fenotipagem e pedigree de um elevado número de animais. Para integrar esse volume de dados distintos, é primordial utilizar uma estrutura de armazenamento robusta, como um SGBD. Assim, uma questão importante a considerar é o equilíbrio entre normalização e desempenho durante o estágio de modelagem de banco de dados, pois isso terá um impacto direto na usabilidade e na experiência do usuário. Buscando resolver esse problema de armazenamento eficiente e consultas rápidas num grande volume de dados, este trabalho apresenta o sistema BDGF (Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos). Seu modelo de dados permite a implementação do tipo JSON em campos de tabelas relacionadas a fenótipos e do tipo texto em campos da tabela genótipos. BDGF foi projetado para dar suporte a projetos de criação de animais da Embrapa, mas pode ser facilmente ajustado para armazenar dados de diversas fontes, tais como dados de plantas. Além disso, o sistema implementa políticas de acesso e segurança para fenótipos, genótipos e pedigree dos animais.
NAL Thesaurus:	Databases Single nucleotide polymorphism Genotype Phenotype
Keywords:	Tecnologias Java EE Sistema Gerenciador de Banco de Dados PostgreSQL JavaScript Object Notation JSON Polimorfismo de nucleotídeo único Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos
ISBN:	978-85-85783-75-4
Notes:	SBIAgro 2017. Na publicação: Adhemar Zerlotini.
Type of Material:	Artigo em anais e proceedings
Access:	openAccess
Appears in Collections:	Artigo em anais de congresso (CNPTIA)