Title:	Determinação do unigene do projeto genoma café.
Authors:	SALES, R. M. O. B. ANDRADE, A. C. SILVA, F. R. da
Date Issued:	2005
Citation:	In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 4., 2005, Londrina. Anais... Londrina: IAPAR; Brasília, DF: Embrapa Café, 2005.
Description:	O Projeto Genoma Café gerou seqüências parciais de mais de duzentos mil clones de EST (Expressed Sequence Tag). Essa estratégia gera dados redundantes. Nesse trabalho, selecionamos o conjunto mínimo de clones que representam todos os transcritos encontrado no projeto. Para tanto, as 213.157 seqüências geradas pelo projeto, apos um processo criterioso que resultou em 145.507 seqüências limpas, foram agrupadas por similaridade dando origem a 32.958 possíveis transcritos, aqui chamados de Unigenes. Para cada Unigene, determinamos o clone correspondente à extremidade 5' o que, pela metodologia empregada na construção das bibliotecas, deve corresponder ao clone de maior extensão. Todos os resultados obtidos foram centralizados e organizados em uma base de dados relacional, de forma a facilitar sua utilização em posteriores aplicações de diferentes plataformas e linguagens. O SGDB usado foi o PostgreSQL. Desenvolvemos uma interface Web usando as linguagens PHP e Perl rodando sobre o Apache para permitir a usuários acesso aos dados de maneira simplificada e rápida. Escolhemos essas ferramentas por serem todas de código livre, permitindo personalizações, se necessárias, e por não agregarem nenhum vinculo de licença.
NAL Thesaurus:	Coffea
Keywords:	Bioinformática EST Genômica Bancos de dados
Notes:	Núcleo: Biotecnologia aplicada à cadeia agroindustrial do café, p. 1.
Type of Material:	Artigo em anais e proceedings
Access:	openAccess
Appears in Collections:	Artigo em anais de congresso (CENARGEN)